Au début de septembre 1552, il arrive sur l’île de Sancian, à dix km des rivages de Chine. François n’avait plus avec lui qu’un jésuite étudiant, Alvaro Ferreira, un jeune Chinois, Antonio, et un domestique malabar, Christophe. Ferreira tremble à la pensée des geôles de Canton : François le renvoie de la Compagnie de Jésus ; Christophe s’apprête à déserter au premier signe de danger… Finalement, ne reste auprès de François qu’Antonio, ce fils de la Chine, fidèle comme un fils.
Le 21 novembre 1552, François célèbre sa dernière Messe. L’office terminé, il se sent défaillir. Voici le récit de l’unique témoin de ces derniers jours de François par le fidèle Antoine :
« Il supportait le tout avec grande patience. Son esprit alors se mit à vagabonder, et, dans son délire, des mots, incohérents en apparence, prouvaient qu’il pensait à ses frères de la Compagnie de Jésus… Les yeux levés au ciel, et, avec une attitude très joyeuse, il tint à haute voix de longs colloques avec Notre Seigneur, dans les différentes langues qu’il connaissait. Ce jour-là, il perdit l’usage de la parole, et resta silencieux pendant trois jours, jusque vers le jeudi à midi. Pendant tout ce temps, il ne reconnaissait personne et ne mangeait plus rien. Jeudi vers midi, il reprit ses sens, mais ne parla que pour invoquer la Sainte Trinité, Père, Fils et Saint Esprit, l’une de ses plus tendres dévotions. Il reprit ces paroles Jésus, « Fils de David, ayez pitié de moi » ; il s’exclama à plusieurs reprises « O Vierge, Mère de Dieu, souvenez-vous de moi »… Il eut sur les lèvres ces invocations et d’autres du même genre toute la nuit du vendredi, jusqu’à l’aube du samedi, quand je compris qu’il se mourait ; je plaçai une petite chandelle dans sa main ; alors avec le nom de Jésus sur les lèvres, il rendit son âme à son Créateur et Seigneur, avec grand repos et paix. »